Free! gira em torno de Haruka Nanase, um rapaz que sempre gostou de esta na água e nadar. Antes de se formar na escola, ele participou junto de seus amigos (Makoto, Hazuki e Rin) do clube de natação de um torneio.

 E após vencerem, cada um seguiu o seu rumo individualmente. O tempo passa, e no meio de suas vidas tediosas já no ensino médio, Haruka reencontra Rin e o desafia para uma competição e assim mostrar as suas habilidades dentro da água. Ele aceita o desafio do seu ex-companheiro e começa a pensar numa estratégia para vence-lo. Haruka então se reúne com seus amigos Makoto, Hazuki e o novato Rei Ryugazaki e decidem forma o clube de natação do colégio Iwatobi.